clique no link abaixo, para ver como resolver um erro de duplicidade ao autorizar NFe. 

http://remoto.cybersulinformatica.com.br:8082/link/712#bkmrk-page-title


Tambem pode seguir as seguintes instrucoes do suporte:

Duplicidade NF-e
O problema de duplicidade da nota fiscal eletrônica ocorre quando um XML de nota é enviado para o servidor correspondente do SEFAZ, mas durante o processo ocorre alguma falha de comunicação. O programa, não tendo retorno do SEFAZ, assume que a nota não foi validada, portanto, envia a requisição de uma nova chave. Como a nota na verdade chegou ao SEFAZ (ela apenas não retornou para o software), ela foi validada com a chave anterior. Portanto o programa não consegue realizar mais nenhuma operação com a chave: ao tentar cancelar, o SEFAZ vai tentar validar a chave, e como esta se encontra errada, não será possível. O mesmo ocorre para qualquer processo que faça necessária a integração com o SEFAZ.

Passo-a-passo:
1: Rodar o SELECT abaixo:

SELECT * FROM ACEM14NE nfe WHERE nfe.medocumento='[num documento]' AND nfe.mefilial='[num filial]'
Onde nos campos:
NEMOTIVO e NECODIGOMOTIVO -> Na linha que está a rejeição (vai estar com o motivo 539 e o lado a mensagem de rejeição) você muda o código para 100 e o texto para "Autorizado o uso da NF-e". (IMPORTANTE: sempre copiar a mensagem da rejeição para poder pegar a chave que é a que consta com a NF autorizada na sefaz)

NEPROTOCOLO -> você vai informar o PROTOCOLO de autorização da NF-e (você consegue pegar essa informação da NF-e no site da SEFAZ consultando através da chave).

NEAUTORIZADO -> Setar a letra " A " na linha do motivo 100.

2: Rodar outro SELECT, segue abaixo:

SELECT nf.documento, nf.menfeidnota FROM ACEM1401 nf WHERE nf.documento='[num doc]' AND nf.local_doc='[filial emissora]' AND nf.serie_doc='E1'

E no campo MENFEIDNOTA colocar a chave da NF-e (a mesma chave que você usou pra consultar no SEFAZ).

3. Após consulta no SEFAZ da NF-e, baixar o XML da mesma (consultar e baixar o XML no computador do cliente pois vai pedir o certificado da empresa).
Colocar este XML na pasta emitidas do cliente, abrir ele com o bloco de notas e COPIAR este XML.

4. Após copiar o XML abrir o sistema com o usuário SYSDBA e ir em -> Faturamento -> Situação de NF-e -> Pesquisar a NF-e que estava em duplicidade e que já deve estar corrigida, e no motivo 100 - Autorizado o uso da NF-e clicar com o botão direito em cima do registro e depois na opção "Alteraer XML", o sistema irá pedir uma senha, digitar "Solution3" no campo da senha. Irá abrir uma tela, provavelmente com um registro de XML dentro. Apagar esse registro e após isso COLAR o xml que foi baixado do sefaz. Por fim clicar em IMPRIMIR DANFE.